第三方水質檢測指公共場所的發證監測、復證監測和經常性衛生監測。發證監測和復證監測是指對公共場所經營單位的衛生狀況進行監測，評價其衛生狀況，確定是否發放衛生許可證。經常性衛生監測是指公共場所經營單位在取得為生許可證之日起，至下次復核為生許可證之間的一段時間內所進行的衛生監測，監測衛生狀況達標情況，促使衛生狀況鞏固提高。第三方水質檢測指標有CO、CO2、氨、甲醛、照度、新風量、噪聲、溫度、濕度、風速、臭氧、細菌總數、大腸菌群、可吸入顆粒物、總揮發性有機物（TVOC）等。

食品工業水質檢測機構項目：送風過濾器檢漏、定向氣流、風速、換氣次數、靜壓差、新風量、潔凈度、空氣浮游菌、空氣沉降菌、表面微生物、噪聲、照度、溫度、相對濕度、自凈時間、甲醛。第三方水質檢測檢測依據：GB 50687-2011《食品工業潔凈用房建筑技術規范》GB 50591-2010《潔凈室施工及驗收規范》食品工業潔凈廠房應按生物潔凈室原則建設，以控制有生命微粒的污染為主要目的，以空氣潔凈技術為過程控制的重要保障條件，構造良好衛生生產環境。

第三方水質檢測的范圍：污水、純水、海水、漁業水、泳池用水、中水、瓶裝純凈水、飲用天然礦泉水、冷卻水、農田灌溉水、景觀用水、生活飲用水、地下水、鍋爐水、地表水、工業用水、試驗用水等。第三方水質檢測的目的：飲用水主要考慮對人體健康的影響，其水質標準除有物理指標、化學指標外，還有微生物指標；對工業用水則考慮是否影響產品質量或易于損害容器及管道。隨著社會經濟發展、科學進步和人民生活水平的提高，人們對生活飲用水的水質要求不斷提高，飲用水水質標準也相應地不斷發展和完善。

國家衛生計生委要求第一類、第二類消毒產品首次上市前需要自行或者委托第三方進行衛生安全評價，評價合格的消毒產品方可上市銷售。衛生安全評價項目包括：消毒劑檢驗項目、消毒器械檢驗項目、指示物檢驗項目、滅菌物品包裝物檢驗項目、抗(抑)菌制劑檢驗項目。政府單位備案申報第三方水質檢測。第三方水質檢測項目：外觀、有效成分含量測定、pH值測定、穩定性試驗、連續使用穩定性試驗、鉛、砷、汞的測定、金屬腐蝕性試驗、實驗室對微生物殺滅效果測定、模擬現場試驗或現場試驗、毒理學安全性檢測、總體性能試驗。