浮游菌是指懸浮在空氣中的活微生物粒子，通過專門的培養基，在適宜的生長條件下繁殖到可見的菌落數。
在檢測潔凈車間時，根據《保健食品良好生產規范 GB 17405-1998》、《食品工業建筑技術規范 GB 50687-2011》、《藥品包裝材料生產廠房潔凈室（區）的測試方法YBB00412004-2015》、《無菌醫療器具生產管理規范YY0033-2000》、《醫藥工業潔凈廠房設計標準GB 50457-2019》等標準規范要求，需對潔凈車間浮游菌進行檢測。

如醫藥工業潔凈室（區）浮游菌檢測時，一般采用計數濃度法。即，通過收集懸浮在空氣中的生物性粒子于專門的培養基（選擇能證實其能夠支持微生物生長的培養基），經若干時間和適宜的生長條件讓其繁殖到可見的菌落計數，以判定該潔凈室的微生物濃度。

選擇該種方法之后，在對浮游菌進行采樣時，采樣器一般又用到撞擊法原理。其中，采樣器根據工作原理又分為狹縫式采樣器、離心式或針孔式采樣器三類。狹縫式采樣器由內部風機將氣流吸入，通過采樣器的狹縫式平板，將采集的空氣噴射并撞擊到緩慢旋轉的平板培養基表面上，附著的活微生物粒子經培養后形成菌落。離心式采樣器由于內部風機的高速旋轉，氣流從采樣器前部吸入從后部流出，在離心力的作用下，空氣中的活微生物的粒子有足夠的時間撞擊到專用的固形培養基條上，附著的活微生物粒子經培養后形成菌落。針孔式采樣器是氣流通過一個金屬蓋吸入，蓋子上是密集的經過機械加工的特質小孔，通過風機將收集的細小的空氣流直接撞擊到平板培養基表面上，附著的活微生物粒子經培養后形成菌落。

在具體采樣時，根據潔凈車間等級，較小采樣量如下表。
關于浮游菌采樣點的位置，則可以參照GB/T 16292-2010。一般來說，工作區測點位置離地0.8-1.5m，送風口測點位置離送風面30cm左右。